1. 投递商品受限制当买家选择的是货到付款这种方式时，而快递寄存柜就不能用了，其只能支持网上支付后进行快件的存放；智能快递寄存柜其体积有限，个别包裹无法存放。
2. 商业运营模式不明确智能快递寄存柜在运营中会涉及到快递公司、货柜生产厂家及消费者等多方组织，除京东其自提货柜由自己负责，其他快递公司都是由货柜生产厂家提供。智能快递寄存柜在使用的前几个月是免费的，目的是推广更深入的感受到这种服务模式的优越性，此外也能够积累消费者，在一段时间后要根据快件数来收取一定的费用。对社区中安置这种智能快递寄存柜物业要收取几千块的费用；由于这种终端服务在背后涵盖了最新的物联网技术，需要进行多方的数据共享；快递企业也要从中获取盈利，货柜厂家要对快递公司进行收费，此外寄存柜还会有LED屏广告费，偿还信用卡等其他缴费便民服务……这些合作商之间的利益如果得不到一个平衡点，运营模式不能够有效解决，势必会影响智能快递寄存柜的推广和发展。
3. 投资和维护成本较高在快递行业中物流配送中的人力成本在不断地增加，因为快递员等到收货人取货占到整个配送过程的68%左右，很多收货人可能会让小区物业代收快递，这也增加了物业的工作量。设立智能快递寄存柜可以节约这一部分成本，消费者取货时间更为自主，快递员也无需等到收货人取货，大大提高了电商的配送效率。但在整个过程需要其他的成本支出。智能快递寄存柜的安置成本、维护成本、订单的机会成本都是不容忽略的成本因素，并且还存在失窃、提货时效、签收错误、放置错误等问题。
